O Departamento de Farmácia (FBF) compreende a área de fármacos e medicamentos, além de cosméticos e biomateriais, mantendo estreita relação com a sociedade. Os docentes desse Departamento desenvolvem, de forma indissociada, atividades de ensino de graduação e pós-graduação, pesquisa e extensão universitária. Graças à sua ligação com a indústria, mantém parcerias com empresas públicas e privadas no setor de medicamentos e cosméticos, desenvolvendo projetos conjuntos de pesquisa. Também, participa de atividades ligadas a órgãos estaduais e federais de saúde. O Programa de Pós-Graduação em Fármaco e Medicamentos oferecido pelo FBF forma mestres e doutores nas áreas de Produção e Controle Farmacêuticos e de Insumos Farmacêuticos. Os alunos são originários de diferentes regiões do País e do Exterior, sobretudo da América Latina. Uma vez que recebem o título, atuam especialmente na docência, organizando grupos de pesquisa em suas instituições de origem. Parte significativa dos pós-graduados desse programa desenvolve atividades na indústria farmacêutica ou de cosméticos, não raro ocupando cargos importantes. Ademais, mestres e doutores formados no âmbito desse programa desempenham papéis de destaque em órgãos da saúde.

O CONFAR – laboratório de controle de medicamentos, cosméticos, domissanitários, produtos afins e respectivas matérias-primas – desenvolve atividades de extensão em parceria com empresas públicas e privadas. A Farmácia Universitária da USP (FARMUSP) serve de modelo de assistência farmacêutica integrada para o Estado de São Paulo. Por meio do seguimento terapêutico e do Centro de Informação de Medicamentos (CIM), representa o polo de atenção farmacêutica do Estado de São Paulo e um novo paradigma, em consonância com a nova lei federal, que considera a área de Farmácia um estabelecimento de saúde.