A Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP possui quatro Programas de Pós-Graduação, os quais oferecem cursos de mestrado e doutorado, a saber:

• Farmácia – Fisiopatologia e Toxicologia
• Fármaco e Medicamentos
• Tecnologia Bioquímico-Farmacêutica
• Ciência dos Alimentos

No contexto dos Programas, são desenvolvidas pesquisas de ponta nas diversas áreas das Ciências Farmacêuticas. A Pós-Graduação na FCF destaca-se ainda pelo alto grau de internacionalização, incluindo diversos convênios de dupla-titulação em nível de mestrado e doutorado com universidades da América Latina, América do Norte e Europa. Todos os Programas da FCF-USP são recomendados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), fundação do Ministério da Educação (MEC) à qual compete avaliar a pós-graduação stricto sensu em todo o País.

Os cursos de Pós-Graduação Stricto Sensu da FCF-USP oferecem a oportunidade de desenvolvimento científico e aprofundamento da formação obtida no nível de graduação. O objetivo é a formação de recursos humanos altamente qualificados para atuar no ensino, na pesquisa científica, em organizações públicas e setores industriais. 

A criação da Pós-Graduação na Faculdade de Ciências Farmacêuticas é contemporânea à institucionalização da Pós-Graduação na própria Universidade de São Paulo. Funcionando regularmente desde o início dos anos 1970, os Programas de Pós-Graduação da FCF-USP têm apresentado resultados relevantes dentro de suas áreas de atuação, servindo de referência no âmbito nacional e internacional. Seus cursos de Mestrado e de Doutorado são oferecidos em quatro programas.